近年来，济宁市农业部门高度重视农业产业化发展，大力培育农业重点龙头企业，发展农产品精深加工，兖州、金乡、微山、鱼台等县市区依托农业资源和区位优势，引导龙头企业向优势产区聚集，建成了一批主导产业突出、规模效益明显的农业产业集群，县域农业竞争力不断提升。目前，济宁市500万以上规模农业龙头企业1026家，年销售收入997亿元，其中国家级重点龙头企业4家、省级50家、市级535家。
兖州粮食精深加工规模不断扩大。近年来，兖州区大力发展以粮食深加工为主的农产品加工业，培育了百盛生物、兖州绿源、今麦郎、益海嘉里等国家、省级重点龙头企业，打造了优质小麦玉米、绿色肉鸭为主的农业加工链条，年转化小麦玉米160万吨、肉鸭6000万只。加大科技创新研发力度，深化产学研合作，打造各类创新研发平台，兖州绿源食品建设了山东肉鸭产业技术研究中心和博士科研工作站、百盛生物建设了济宁市有机酸酯研究中心和山东省博士后创新实践基地、益海嘉里建设了济宁市粮油深加工技术中心等。兖州区被评为“国家农业产业化示范基地”，市级以上农业产业化重点龙头企业24家，其中包括国家省级5家，2017年资产总额96.68亿元、固定资产32.3亿元、销售收入113.8亿元。
金乡大蒜产业竞争力不断提升。这个县常年种植大蒜70万亩，年均产量80万吨，被评为“全国绿色大蒜标准化生产基地”“首批国家特色农产品优势区”“中国百强农产品区域公用品牌”，年出口大蒜约40万吨，2017年大蒜出口值49.8亿元，占全省蔬菜出口值的16.3%，出口世界160多个国家和地区，出口量居全国首位。近年来，依托区位资源优势，大力发展大蒜深加工，集聚了大蒜加工企业1200余家、大小储藏库3000余座，保温储藏能力300万吨，深加工消耗大蒜约80万吨。汇集了保鲜、腌制、罐头、酿造、发酵、大蒜胶囊、保健食品等大蒜加工全部品类，同时，辐射带动物流、包装、印刷、餐饮住宿等产业快速发展，是大蒜加工技术全、产品全、产业链完备、企业集聚度高、辐射带动作用强的大蒜产业区。不断强化科技研发创新能力，组建了国家级研发平台3个、省级1个、市级20个，成立金乡大蒜研究所1个。目前，培育了国家级龙头企业1家、省级7家、市级44家，示范带动规模以上龙头企业683家，发展专业合作社152家，年主营业务收入320.6亿元，其中鑫诺食品科技公司年销售收入2.2亿元。
渔湖水产品特色优势明显。大闸蟹、小龙虾、乌鳢等特色产业竞争优势突出。小龙虾养殖面积10万亩，年产量1.5万吨。由于优良的环境和丰富的饵料生物资源，鱼台、微山小龙虾个大、健壮、清洁、味美，深受消费者欢迎，成为国内重要的小龙虾种源提供基地。微山湖河蟹养殖面积20万亩，推广生态养殖技术，年产值16亿元，“微山湖大闸蟹”获地理标志证明商标，品牌价值42.5亿元，被授予“中国河蟹之乡”，推广了河蟹与南美白对虾混养技术。微山为“中国乌鳢之乡”，乌鳢养殖面积3万亩，产品销往全国各地。建有微山湖渔业院士工作站、山东农科驿站，其中微山永胜河蟹养殖合作社年销售收入6亿元、鲁七养殖合作社年销售收入4.8亿元。
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